五运六气学说是以宇宙天体运行规律，演绎自然规律和人体生命规律、探讨地球公转对自然、人体及发病的规律科学。传统运气学以人肉眼所能观测到的天文现象，与自然界气象、气候、物候等变化相联属，将人体生命与疾病变化规律进行深入探讨并提出防病治病方法。王冰增补“七篇大论”后，运气学说在宋代成为显学，不懂五运六气便读不懂中医所有的书籍。
张仲景五运六气学术贡献
五运六气理论的推广得益于王冰补入“七篇大论”，而运气理论的临床应用则是肇始于仲景。
张仲景（约-）非常重视运气学说，《伤寒杂病论》原序中说：“夫天布五行，以运万类，人禀五常，以有五脏，经络腑俞，阴阳会通，玄冥幽微，变化难极……”。桂林古本《伤寒杂病论》载《六气主客第三》，论述了五运六气的基本规律。
桂林古本《伤寒杂病论》论述了外感六淫脉证并治，开治六元本气之先。
仲景认为：“风为百病之长，中于面，则下阳明，甚则入脾；中于项，则下太阳，甚则入肾；中于侧，则下少阳，甚则入肝。”风伤肝，用小柴胡汤；风流腑，用柴胡枳实芍药甘草汤；风邪乘心，用*连*芩麦冬桂枝甘草汤；风邪乘脾，用桂枝去桂加茯苓白术汤；风邪乘肺，用桔梗甘草枳实芍药汤；风邪乘肾，用柴胡桂枝汤；风流大肠，桔梗甘草枳实芍药加地*牡丹汤。
“寒之为病，肾先受之，其客于五脏之间，脉引而痛。”寒邪干肾用桂枝加葛根汤，著者用甘草干姜茯苓白术汤；寒邪乘肝用小柴胡汤，著者用柴胡*芩芍药半夏甘草汤；寒邪乘心用通脉四逆汤，其著者用甘草泻心汤；寒邪乘脾用理中汤，其著者用枳实白术茯苓甘草汤；寒邪乘肺用甘草干姜汤，著者用枳实橘皮桔梗半夏生姜甘草汤。
“伤暑肺先受之。”暑伤元气用竹叶石膏汤；中暍用白虎加人参*连阿胶汤；暑伤肺液用百合地*加牡蛎汤；暑邪干心用*连半夏石膏甘草汤等。
“湿气为病，内外上下，四处流行，虽邪变化，各具病形。”湿气在上用*芪桂枝茯苓细辛汤主之；湿气在下用桂枝茯苓白术细辛汤；湿气在内，中满用白术茯苓厚朴汤，泄泻宜理中汤，上干肺用小青龙汤，下移肾宜五苓散，流于肌肉用麻*茯苓汤；风湿用麻*杏仁薏苡仁甘草汤、防己*芪汤等。
仲景最早论述了伤燥脉证并治，认为：“伤燥，肺先受之，出则大肠受之，移传五脏，病各异形。”燥邪干肺用竹叶石膏杏子甘草汤，燥移大肠用麻仁白蜜煎方，燥邪乘心用栀子连翘甘草瓜蒌汤，燥邪乘肝用*芩牡丹皮瓜蒌半夏枳实汤，燥邪乘脾用白虎汤，燥邪移肾用地**柏茯苓瓜蒌汤。
仲景对于温病的认识也是很有见地，认为：“温病有三，曰春温、曰秋温、曰冬瘟。此皆发于伏气……气不当至而至，初冬乃大寒，燥以内收，其气伏于厥阴，冬至后，天应寒而反温，发为温病，此名冬瘟。”
病春温，用小柴胡加*连牡丹汤；病秋温，用地*知母*连阿胶汤；病冬温，用石膏*连*芩甘草汤、大**芩地*牡丹皮汤；病风温，用*连*芩栀子牡丹芍药汤；病湿温，用猪苓加*连牡丹皮汤；温邪犯心，用*连*芩阿胶甘草汤；温邪乘肺，用*芩石膏杏子甘草汤；温邪移肾，用地**柏秦皮茯苓泽泻汤；温在上焦宜栀子汤，温在中焦宜白虎加地*汤，温在下焦宜百合地*牡丹皮半夏茯苓汤等。仲景对温病的认识和治疗非常丰富和完备。
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